Трансформация с 3D-эффектом работает, если у объекта на двух слайдах есть какие-либо 3D-параметры.
Поэтому, даже если у вас есть плоский объект, который потом будет поворачиваться по оси, вам нужно задать ему 3D-параметры.
Если параметры очень сильно отличаются, то трансформация проходит не плавно, рывками.